En 1994 con el impulso del Santo Padre comienza una campaña de "ecumenismo práctico" con la Iglesia ortodoxa rusa.  El proyecto más espectacular es el de los "barcos capilla” que surcan 1500 Km. de los ríos Volga y Don como iglesias flotantes. Permanecen anclados una semana en cada pueblo ribereño y atienden espiritualmente a la población, con catequesis, Misa y sacramentos. Además de los barcos capilla, AIN promueve la formación de los sacerdotes ortodoxos.

AIN también fomenta el diálogo ecuménico a través de los medios de comunicación, apoyando iniciativas mediáticas como la productora cristiana de televisión Blagovest Media, el grupo Zavet que ofrece contenidos audiovisuales a católicos y ortodoxos; la agencia de noticias cristianas Blagovest-Info, o las emisoras Radio Sofía (ortodoxa) y Radio Dar (católica). En el campo de la cultura, la Biblioteca Religiosa de Moscú publica y distribuye obras católicas y ortodoxas gracias al apoyo de AIN.